Taiji no Japão parece uma cidade apaixonada por golfinhos e baleias pela quantidade de ilustrações nas ruas. Em The Cove, descobre-se que a zona é o maior fornecedor de golfinhos para todo o mundo, com cada um a custar 150,000$, com uma industria por trás. A SeaWorld opõe-se a pessoas contra a cativeiro dos animais e é a partir daquela localização que os golfinhos são seleccionados para todo o mundo. O criador da série Flipper foi o grande impulsionador de dolfinários durante 10 anos, mas desde então, apercebeu-se da dor causada aos golfinhos e está constantemente a ser preso por os libertar. Ele e uma equipa de voluntários descobrem um covil onde as piores coisas acontecem, e com a ajuda de um grupo especial, criam câmaras que se escondem nas rochas e conseguem monitorizar a actividade que se passa ali com o auxilio de equipas aquáticas, mas também em terra e no ar.
Para além da matança, o problema é o mercúrio contido nos golfinhos, que são vendidos como outro tipo de carne e originam doenças em mães grávidas na zona. A luta que o grupo trava para conseguir libertar os animais é então o tema deste documentário.